L’Archivio storico fin dall’inizio della sua attività di studi e di ricerca si è occupato di erbari, considerandoli come materia di scienza necessaria alla cultura del mondo vegetale e del mondo dei giardini. Nel progetto “Stanze per un giardino” che articolava la Biblioteca Botanica nella sua sede di villa la Petraia un’intera stanza è stata dedicata appunto agli erbari e a Pier Andrea Mattioli. Di lui si propone un’edizione di agile consultazione e un’edizione nobile in 4 volumi. In copia a stampa si possono consultare l’Erbario di Antonio Michiel, Venezia, 1540; Ritratti di piante di Jacopo Ligozzi; The Temple of Flora di Robert John Thornton; Erbario di Emilie Dickinson (in facsimile) e altri cataloghi tra Sette e Novecento. Tra le ultime acquisizioni La Botanica di Leonardo edito da Aboca. Documentato e curato lo scaffale sugli Orti Botanici, quello della Farmacopea, dell’Erboristeria e in specifico del Profumo.

Sempre nella stessa stanza, per la sua ampiezza, costituita nel giugno 2010 una intera scaffalatura ospiterà volumi documentari sulla cultura giuridica dell'ambiente, con la direzione di Giovanna Lanfredini e Claudio Ottaviani. In preparazione nel 2011 un convegno sul tema.